История института началась в 1999 году с создания в Академии им. П.Ф. Лесгафта факультета экономики, управления и права. Первоначально обучение осуществлялось по одной образовательной программе - «Менеджмент», по очной и заочной формам обучения.
С октября 2000 года введено обучение для соискателей с высшим образованием. В 2003/2004 учебном году на базе факультета была открыта магистратура.