Программа осуществляется по двум тракам: МА – при наличии у студента богословского образования и MDiv – при наличии высшего образования, но без богословского.Слушатели глубоко изучают богословскую науку, пишут научные статьи, преподают, занимаются исследованиями. В СПЕБА преподают профессоры ведущих богословских школ мира, известные своими духовными трудами, авторством богословских книг.После завершения курса, слушатели пишут магистерскую диссертацию и публично защищают ее. После успешной защиты слушателям присваивается ученая степень Магистр Богословия и выдается Диплом Академии.
На направлении готовят специалистов по мировым религиям, экспертов и преподавателей. Выпускники работают в учебных заведениях, научных центрах, архивах и библиотеках. Они изучают религиозные тексты и документы, занимаются историей религиозных учений, выступают в качестве экспертов в вопросах религии.